L'histoire de Navarrete a été marquée par son rôle de carrefour, de frontière et de terre qui perfectionne de grandes œuvres, telles que la vigne et l'argile.
La région a été habitée depuis la préhistoire, comme en témoignent les vestiges découverts, notamment un site de silex en plein air dans la Dehesa de Navarrete.
Pendant la conquête romaine, la voie reliant Astúrica Augusta à Tarraco passait par ici au Ier siècle av. J.-C.
Un siècle plus tard, au Xe siècle, on pense que le roi Sancho Garcés II a fondé ici une petite population appartenant au royaume de Pampelune, bien que cela ne soit pas absolument certain.
En 1195, le roi Alfonso VIII de Castille a souhaité renforcer ses domaines face au royaume de Navarre et a promu le lieu de Navarrete en lui accordant la charte de ville castillane.
Il a créé une communauté appelée Villas del Campo qui inclut les terres de Fuenmayor, Medrano, Daroca de Rioja, Sotés et Hornos de Moncalvillo.
Son emplacement sur le Chemin de Saint-Jacques l'a développé au XIIe siècle, lorsque l'hôpital des pèlerins de Saint-Jean-d'Acre a été construit.
En 1369, le roi Henri II de Castille donne la ville au noble Juan Ramírez de Arellano, mais en 1380, le monarque Juan I la cède à Diego Gómez Manrique de Lara, grand avant-garde de Castille et grand pâtissier du roi.
Bien qu'elle ait pu être fortifiée auparavant, on pense que c'est à ce moment-là que le château a été construit sur la colline de Tedeón et qu'un mur avec 7 portes et sa propre douve (comme un fossé extérieur de protection) a été érigé.
Au XVIe siècle, elle perd son caractère défensif et la ville se développe jusqu'à l'agencement actuel du centre historique.
En 1790, Navarrete est l'une des municipalités fondatrices de la Real Sociedad Económica de La Rioja, qui était l'une des sociétés d'amis du pays fondées à l'époque des Lumières.
Avec le temps, la ville grandit et se développe à partir de son industrie vinicole célèbre, d'une artisanat potier innovante et reconnue, et du passage du chemin de Saint-Jacques.
L'ensemble urbain est classé Bien d'Intérêt Culturel et Ensemble Historico-Artistique .